由于淮安市位于河流和湖泊密布的地区，水运货运在该区域也占有一定的份额。淮安市站街的货运码头经常有船只进出，主要运输水果、粮食、建材等货物。水运货运的特点是运输成本相对较低，并且适用于大宗货物和远距离运输。